Visual novel CLANNAD được chia thành hai phần gồm School Life và After Story thể hiện các giai đoạn khác nhau trong toàn bộ câu truyện. Mới đầu chỉ có phần School Life là có thể chơi được, và chỉ khi người chơi đã hoàn thành xong kịch bản phần này, phần After Story mới được mở ra để người chơi tiếp tục khám phá. Xuyên suốt câu truyện là việc tìm và thu thập 8 quả cầu ánh sáng, mỗi quả cầu thu được là mỗi phần truyện về một nhân vật đã hoàn tất. Lần lượt từng quả cầu sẽ biến mất trong phần School Life nhưng sau đó sẽ xuất hiện lại trong phần After Story[1].

Trong phần School Life, người chơi sẽ nhập vai Okazaki Tomoya - một học sinh năm cuối trường cấp 3 - người sẽ gặp và đối thoại với tất cả các nhân vật trong trò chơi này, nhưng chỉ tập trung vào năm nhân vật nữ chính trong đó có Furukawa Nagisa. Tiếp nối ngay sau phần School Life là phần After Story, trong đó nhân vật Nagisa là tâm điểm chính, đồng thời cũng là khoảng thời gian Nagisa và Tomoya bắt đầu cuộc sống tự lập như một cặp đôi và câu truyện được dẫn dắt trong khoảng 10 năm tiếp đó[1]. Các nhân vật khác ở phần School Life cũng xuất hiện nhưng vai trò của họ mờ nhạt hơn nhiều. Để đạt đến kết thúc thật sự trong visual novel CLANNAD thì 13 quả cầu ánh sáng phải được thu thập. Mặc dù ý định ban đầu là đưa các quả cầu ánh sáng vào như món đồ người chơi có thể sử dụng được, nhưng xét thấy nó sẽ làm tăng độ khó của visual novel cũng như làm mất tính liền mạch trong câu chuyện, nên chúng đã thay đổi chức năng chỉ còn là thu thập và cất giữ[2].

CLANNAD đòi hỏi người chơi tương tác ít nhiều bởi phần lớn thời gian là đọc những dòng chữ xuất hiện trên màn hình mô tả đoạn đối thoại giữa các nhân vật khác nhau xen lẫn suy nghĩ của nhân vật chính. Một yếu tố quan trọng có trong CLANNAD (cũng như hầu hết các visual novel khác) đó là người chơi chỉ có thể tương tác khi đến "điểm quyết định" thường xuất hiện và có vài lựa chọn được đưa ra. Các "điểm quyết định" này thường thay đổi và xuất hiện không đều đặn, có thể cách nhau ít phút hoặc lâu hơn. Trong khi người chơi đang phân vân giữa các lựa chọn, visual novel sẽ dừng lại chờ cho đến khi người chơi đưa ra quyết định, sau đó cốt truyện sẽ tiến triển theo một hướng nhất định. Sẽ có năm kịch bản chính tạo điều kiện cho người chơi trải nghiệm, giao lưu và kết bạn với mỗi nhân vật nữ chính cùng 13 hồi kết khác nhau. Đồng nghĩa với việc với mỗi kịch bản người chơi sẽ phải chơi lại nhiều lần để lấy được tất cả đoạn kết có trong visual novel[1]. Thành tích hoàn thành visual novel CLANNAD nhanh nhất cũng phải mất 100 giờ[3].

Với tổng cộng 62.830 chữ, CLANNAD là tác phẩm đồ sộ thứ hai của Key, và theo ghi nhận của Tonokawa Yūto, CLANNAD chỉ kém 4.000 chữ so với một tác phẩm khác của Key trong năm 2008 là Little Busters! Ecstasy[4]. Trong khi hai tác phẩm trước của Key là Kanon và AIR đều phát hành dưới dạng trò chơi dành cho người trên 18 tuổi và đến phiên bản sau đó được cắt bỏ vài cảnh không phù hợp cho khách hàng trong độ tuổi vị thành niên, thì tác phẩm thứ ba là CLANNAD lại phát hành cho mọi lứa tuổi và không chứa bất cứ cảnh gợi cảm nào[1].